Cicakman 2: Planet Hitam ialah filem ketiga terbitan KRU Studios selepas Cicak-Man dan Duyung.[15] Ia diarahkan oleh Yusry Abdul Halim yang turut kembali menulis skrip bersama Meor Shariman.[16][17][18] Menurut Yusry, dalam kesinambungan Cicak-Man, peminat boleh menjangkakan lebih banyak adegan aksi berbanding filem pertama, yang lebih ditujukan kepada pengenalan watak.[19] Ditanya mengenai pengurangan unsur komedi dalam filem ini, Yusry berkata: "Saya akui dalam Cicakman 2 sememangnya dikurangkan elemen komedi dan disuntik dengan elemen emosi dengan penekanan diberi terhadap penjiwaan watak-watak, terutama watak utamanya, Hairi/Cicakman yang digali dalaman jiwanya,".[20] Menurutnya, pengurangan elemen komedi dalam Cicakman 2 tidak dibuat secara begitu sahaja tetapi ia sebenarnya diimbangi dengan penambahan lebih banyak elemen aksi.[20]

Saiful Apek kembali melakonkan watak sebagai Hairi/Cicakman. Mengulas mengenai kelainan wataknya dalam Cicakman 2, Apek dalam nada serius mengakui: "Saya merasakan kelainannya kali ini dan ia menunjukkan sisi sebenar watak Hairi di sebalik perangainya yang gila-gila itu. Ini cabaran baru buat saya, kerana perlu mengawal lakonan saya supaya tidak kelakar seperti lazimnya".[20] Aznil Nawawi sekali lagi diberi tanggungjawab menghidupkan watak antagonis utama, Profesor Klon. Aznil dinyatakan berkata: "Saya puas melakonkan watak itu, cuma saya khuatir penonton pula yang tidak puas tengok Profesor Klon kali ini berbanding Profesor Klon yang lebih banyak berdandan glamor dalam Cicakman".[20]

Watak Rrama pada awalnya ditawarkan kepada Erra Fazira, bekas isteri pengarah filem ini, Yusry Abdul Halim. Namun begitu, beliau terpaksa menolak kerana kesibukan. Watak Rrama kemudiannya diberikan kepada pelakon Indonesia, Tamara Bleszynski untuk menarik perhatian penonton dari negara itu.[21][22] Menurut Yusry, beliau tertarik dengan kredibiliti Tamara bagi melakonkan watak Rrama, sambil berkata: "Daripada raut wajah dan susuk tubuhnya saya dapati dia amat sesuai untuk melakonkan watak Rrama. Penampilan Tamara sebagai salah satu strategi untuk menarik perhatian para penonton di Indonesia. Ini kerana kami merancang untuk menayangkan Cicak-Man 2 di Indonesia".[21][23] Tamara pula mengakui berlakon dalam Cicakman 2 benar-benar menguji kesabarannya.[24][25] Barisan pelakon baharu diperkenalkan dalam filem ini termasuk Sharifah Amani yang melakonkan watak Iman, adik Danny lakonan Yusry.[26] Amani berkata, peluang berlakon bersama KRU tidak wajar dilepaskannya kerana beliau juga ialah peminat KRU. Beliau berkata mengenai wataknya: "Saya suka menjadi Iman yang buta tapi dalam masa yang sama dia sangat berdikari. Tidak kira apa juga dia cuba lakukan sendiri,".[22][27] Mamat Khalid, Julia Ziegler, Linda Onn, Fahrin Ahmad, Aziz M. Osman, Nadia Mustafar, Ridzuan Hashim, Julie Dahlan dan Dee ialah antara pelakon yang membuat penampilan kameo.[28]

Penggambaran telah dijalankan pada 27 Oktober 2007 di Pulau Pinang, Gua Tempurung, Kampar, Universiti Teknologi Petronas, dan Kuala Lumpur dan berakhir pada 3 Disember 2007. Kos pembikinan menelan belanja sebanyak RM2.5 juta. Kostum yang digunakan dalam sekuel ini lebih berkualiti berbanding filem sebelumnya iaitu berharga RM50 ribu setiap set manakala dalam filem pertama, kostum yang digunakan hanya berharga RM20 ribu setiap set.[22] Filem ini menjalani pembikinan 'A Print' di Bangkok, Thailand.[3] Imej janaan komputer (CGI) dilakukan sendiri oleh Yusry dengan jangka masa yang diambil untuk menyiapkan CGI sahaja mengambil tempoh yang panjang iaitu selama tujuh bulan. Yusry dinyatakan berkata: "Kalau nak dikira semua kerja-kerja CGI dan komputer grafik yang digunakan untuk filem ini, kosnya akan menjadi satu angka yang tidak masuk akal. Tapi semuanya dibayar dengan titik peluh saya sendiri kerana kerja-kerja itu dibuat secara dalaman,".[29] Poster filem ini direka bentuk oleh pelakon, Isma Yusoof.[30]